3つの理由が考えられます。

• コンテンツをアップロードした先のフォルダが、（サイト名）以下のWWWフォルダ内であることをご確認ください。
• 同じ名前のファイルをアップロードして更新する場合には、アップロード時に「同じファイル名の場合は上書きする」のチェックボックスにチェックを入れておかないと更新されません。
• 更新はできているのにブラウザで見ると内容が変わっていない場合で、ブラウザのキャッシュが更新されていないだけの可能性がありますので、別のパソコンや、他の方のパソコンなどから参照してみてください。